പുറത്തുനിൽക്കുന്ന പഴയ പള്ളിക്കമ്മറ്റി വിഭാഗം പള്ളിക്ക് അകത്തേക്ക് പ്രാർത്ഥനയ്ക്കായി കയറണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ടു. എന്നാൽ, അകത്തുനിൽക്കുന്നവർ ഇതിനു സമ്മതിച്ചില്ല. ഇതോടെ ഒരു വിഭാഗങ്ങളും പ്രശ്നമുണ്ടായി. തുടർന്ന് പൊലീസ് ഇടപെട്ട് സ്ഥിതിഗതികൾ നിയന്ത്രണത്തിലാക്കി. എന്നാൽ, ഇതിനിടെ കത്തീഡ്രൽ അനുകൂല വിഭാഗം പള്ളിക്ക് മുകളിൽ ബോർഡ് സ്ഥാപിച്ചു. ഇതോടെ വീണ്ടും ഇരു വിഭാഗങ്ങളും തമ്മിൽ പ്രശ്നങ്ങളുണ്ടാവുകയായിരുന്നു.
എല്‍എംഎസ് പള്ളി കത്ത്രീഡല്‍ ആക്കിക്കൊണ്ടുള്ള പ്രഖ്യാപനത്തിന് ശേഷം നടക്കുന്ന ശുശ്രൂഷാ ചടങ്ങുകള്‍ കഴിഞ്ഞപ്പോഴാണ് സംഘര്‍ഷങ്ങളുണ്ടായത്. 115 വര്‍ഷങ്ങളായി വ്യക്തികളുടെ ട്രസ്റ്റിന്റെ നിയന്ത്രണത്തിന് കീഴിലായിരുന്നു എല്‍എംഎസ് പള്ളി. ഇതവസാനിപ്പിച്ചുകൊണ്ട് ബിഷപ്പ് ധര്‍മരാജ് റസാലം പള്ളിയെ കത്ത്രീഡലാക്കി ഉയര്‍ത്തുകയായിരുന്നു.
ആറ് മഹാഇടവകകളാണ് സിഎസ്ഐ സഭയ്ക്കുള്ളത്. അതില്‍ ദക്ഷിണമേഖലാ മഹാഇടവകയ്ക്ക് മാത്രമാണ് കത്രീഡല്‍ ഇല്ലാത്തത്. ആ കുറവ് നികത്താനാണ് പള്ളിയെ കത്ത്രീഡലാക്കിയതെന്നാണ് ബിഷപ്പിന്റെ വാദം. ഇതിനെതിരെയാണ് ഒരു കൂട്ടര്‍ പ്രതിഷേധിക്കുന്നത്.
ബിഷപ്പ് ധര്‍മരാജ് റസാലമിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സംഘം പള്ളിയില്‍ അതിക്രമിച്ച കയറിയെന്ന് പ്രതിഷേധക്കാര്‍ ആരോപിച്ചു. പള്ളി ഭരണസമിതി പിരിച്ചുവിട്ടെന്നും ഭരണനിര്‍വഹണത്തിന് അഡ്‌ഹോക് കമ്മിറ്റിയെ നിയമിച്ചുവെന്നും ബിഷപ്പ് അറിയിച്ചു.