ചൊവ്വാഴ്ച രാത്രിയിലാണ് കേസിനാസ്പദമായ സംഭവം. പടിഞ്ഞാറേക്കര അയ്യപ്പക്ഷേത്രത്തിലും കോവിലകംപടി വെൺമാടത്തിങ്ങൽ ബാലശാസ്താ ക്ഷേത്രത്തിലും ഭണ്ഡാരത്തിന്റെയും ഓഫീസ് മുറിയുടെയും പൂട്ടു തകർത്ത് ഭണ്ഡാരത്തിൽ നിന്നു പണവും അമ്പതിലധികം നിലവിളക്കുകളും ഓടിന്റെ ഉരുളി, ചട്ടുകം തുടങ്ങി 37000 രൂപയുടെ ക്ഷേത്രഉപകരണങ്ങൾ മോഷണം പോയതായി ക്ഷേത്രഭാരവാഹികൾ ബുധനാഴ്ച രാവിലെ മേലാറ്റൂർ പോലീസിൽ പരാതി നൽകിയിരുന്നു. പൂജാരി രാവിലെ എത്തിയപ്പോഴാണ് സംഭവം പുറത്തറിയുന്നത്. തുടർന്ന് മലപ്പുറം പോലീസ് മേധാവി എസ്.സുജിത്ത് ദാസിന്റെ നിർദേശപ്രകാരം മേലാറ്റൂർ ടൗണിലും പരിസരങ്ങളിലുമുള്ള സിസിടിവി ദൃശ്യങ്ങൾ കേന്ദ്രീകരിച്ചും നേരത്തെ ഇത്തരം കേസുകളിൽ പ്രതിയായവരെ കേന്ദ്രീകരിച്ചും നടത്തിയ അന്വേഷണത്തിൽ പ്രതികളെ തിരിച്ചറിയുകയും കസ്റ്റഡിയിലെടുക്കുകയുമായിരുന്നു.
പ്രതികളെ പോലീസ് കസ്റ്റഡിയിൽ കൂടുതൽ ചോദ്യം ചെയ്തതോടെ മൻസൂറും അബ്ദുവും രണ്ടു ക്ഷേത്രങ്ങളിലും മോഷണം നടത്തിയതായി കുറ്റസമ്മതം നടത്തി. തുടർന്നു മോഷണം പോയ വിളക്കുകളും ഉരുളികളുമടക്കം മുഴുവൻ സാധനങ്ങളും ചാക്കിലാക്കി ഒളിപ്പിച്ച നിലയിൽ റെയിൽവേ സ്റ്റേഷനുസമീപത്തെ പഴയ കെട്ടിടത്തിൽ നിന്നു പോലീസ് കണ്ടെടുത്തു. മറ്റു ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ നടന്ന മോഷണങ്ങളിൽ പ്രതികൾക്ക് പങ്കുണ്ടോയെന്നതു അന്വേഷിക്കുമെന്നു ആവശ്യമെങ്കിൽ കസ്റ്റഡിയിൽ വാങ്ങുമെന്നും പെരിന്തൽമണ്ണ ഡിവൈഎസ്പി എം.സന്തോഷ് കുമാർ, സിഐ സി.എസ്. ഷാരോൺ എന്നിവർ അറിയിച്ചു. മേലാറ്റൂർ എസ്‌ഐ ഷിജോ തങ്കച്ചൻ, പ്രത്യേക അന്വേഷണ സംഘത്തിലെ എസ്‌ഐ സതീഷ്‌കുമാർ, സി.പി.മുരളീധരൻ, പ്രശാന്ത് പയ്യനാട് എം.മനോജ്കുമാർ, എൻ.ടി.കൃഷ്ണകുമാർ, കെ. ദിനേഷ്, പ്രഭുൽ.കെ, സുർജിത്ത്, ഐ.പി. രാജേഷ്, നിഥിൻ ആന്റണി, വനിതാ എഎസ്‌ഐ അനിത എന്നിവരാണ് അന്വേഷണ സംഘത്തിലുണ്ടായിരുന്നത്.