മദ്രസകളിലെ വിദ്യാഭ്യാസത്തിനെതിരെ വലിയ വിമർശനമാണ് കത്തിൽ ഉന്നയിച്ചിരിക്കുന്നത്. മുസ്ലിം വിദ്യാർത്ഥികളെ മുഖ്യധാരയിലേക്ക് കൊണ്ടുവരുന്നതിൽ മദ്രസകൾ പരാജയപ്പെട്ടുവെന്നാണ് ദേശീയ ബാലാവകാശ കമ്മീഷൻ വിലയിരുത്തൽ. മദ്രസകൾ വിദ്യാഭ്യാസ സംരക്ഷണ നിയമത്തിന് എതിരാണെന്ന് കമ്മീഷൻ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു. മദ്രസകൾ കുട്ടികളുടെ പൊതുവിദ്യാഭ്യാസത്തിന് തടസമാകുന്നുവെന്നും, മദ്രസകൾക്ക് നൽകുന്ന സഹായങ്ങൾ സംസ്ഥാന സർക്കാർ നിർത്തലാക്കണമെന്നും 11 പേജുളള കത്തിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു.